W okresie istnienia wydziału można wyróżnić okresy o różnym czasie trwania studiów i różnym trybie kształcenia studentów. Opierając się na zdobytych doświadczeniach stale doskonalono program studiów. Od roku akademickiego 2003/04 wydział, jak i cała SGGW, przeszedł zgodnie z Porozumieniem Bolońskim na system studiów dwustopniowych. Wymagało to opracowania nowych, obecnie obowiązujący programów studiów. Są one zgodne z obowiązującymi standardami nauczania, zatwierdzonymi przez MNiSW. Ze względu na częste zmiany standardów kształcenia zawarte w informatorze programy mogą ulegać drobnym korektom wprowadzanym przez Radę Wydziału w trakcie trwania studiów. Zarówno kierunek Budownictwo (w 2004 roku) jak i Inżynieria Środowiska (w 2007 roku) przeszły akredytację i uzyskały pozytywną ocenę Państwowej Komisji Akredytacyjnej. W 2010 roku infrastruktura wydziału wzbogacona została o nowy budynek Centrum Wodnego – zespół laboratoriów wyposażonych w nowoczesny sprzęt badawczy. Wraz z początkiem roku 2011 wydział zmienił nazwę z dotychczasowej – Wydział Inżynierii i Kształtowania Środowiska, na: Wydział Budownictwa i Inżynierii Środowiska.  Mamy prawo do nadawania stopni doktora i doktora habilitowanego w dziedzinie nauk rolniczych, oraz doktoryzowania w zakresie nauk technicznych co pozwala na kształcenie m. in. własnej kadry dydaktycznej i naukowej.